Bir rivayete göre 1877-1878 Osmanlı-Rus Savaşı’ndan kaçarak İstanbul’a gelen Tütüncü Mehmet Halis Efendi önce Küçükpazar’da bir tütün dükkânı açar, işlerin iyi gitmesiyle de Cibali’de bir tütün deposu ve fabrikası kurar. Cibali’de kurduğu fabrika ile ordunun tütün ihtiyacını karşılayan ve Serduhani (baş tütüncü) olarak anılan Mehmet Efendi’nin, Reji yönetiminin kurulması ve tütün alım-satım üretim ve vergilerinin bu idareye devriyle birlikte, Cibali Tütün Fabrikası’nı 95 bin altın karşılığında Reji yönetimine satmak zorunda kaldığı anlatılır.
Arşiv kayıtlarına göre ise Cibali Tütün Fabrikası binası 1884 yılında, II. Abdülhamid tarafından dönemin ünlü mimarı Alexandre Vallaury’e Reji İdaresi adına yaptırılmıştır. Kurumsal hayatına 1884’de Fransız ve daha sonra Osmanlı yönetiminde başlayan fabrika, 1925’te millileştirilmesine kadar yine Fransızlar tarafından işletilmiş, sonrasında yeni kurulan Cumhuriyetin de bir parçası olmuştur. Bir şehir gibi işlenmiş fabrikada, güvenlik birimi, atölyeler, sosyal tesisler, sağlık birimi, çocuk yuvası, yangın teşkilatı, sendikalar ve yemekhaneler bulunmaktaydı. Tekel yönetimi altında 1990’lı yıllara kadar üretime devam edip sonrasında kaderine terk edilen yapı, 2001 yılında Kadir Has Üniversitesi’nin kullanımına tahsis edilmiş ve Europa Nostra ödülüne layık görülen başarılı bir restorasyon çalışmasının ardından, 2003 yılında üniversite ana yerleşkesi olarak hizmet vermeye başlamıştır.